Los hipopotámidos son unos mamíferos grandes, de piernas cortas, rechonchas, y cuerpos en forma de barril. Tienen una cabeza grande, con una boca amplia y fosas nasales situadas en lo alto del hocico. Al igual que los cerdos, tienen cuatro dedos en el pie, pero a diferencia de estos, utilizan todos los dedos para andar. Los hipopotámidos son ungulados, pero, a diferencia de la mayor parte de estos animales, no tienen pezuñas y cuentan en su lugar con unas almohadillas de resistente tejido conjuntivo. Su estómago tiene tres cámaras, pero no son verdaderos rumiantes.
Las especies actuales son de piel lisa y carecen tanto de glándulas sebáceas como de glándulas sudoríparas. La epidermis es relativamente delgada, por lo que se deshidratan rápidamente en ambientes secos. Las dos especies que existen difieren, en particular, por la forma de las orejas, las cejas son mucho más pronunciadas en el hipopótamo común. El hipopótamo común es mucho mayor, puesto que mide 1,50 metros hasta la cruz y 3,50 metros de longitud para un peso de 1,4 a 3,2 toneladas, mientras que el hipopótamo pigmeo solo mide 1 metro hasta la cruz y de 1,50 a 1,75 metros de longitud y un peso de 170 a 275 kilogramos. La morfología de las patas también es diferente, los dedos son más largos para la especie pigmea, que está más adaptada para la marcha.
Tanto los incisivos como los caninos tipo colmillos son de gran tamaño, aunque los caninos (colmillos) sean con mucho los más grandes, y ambos les crecen durante toda su vida. Los dientes postcaninos son grandes y complejos, adecuados para masticar la materia vegetal que conforma su dieta. El número de incisivos varía incluso entre las mismas especies, pero la fórmula dental generalmente es: 2-3.1.4.3 / 1-3.1.4.3.
Suelen ser muy territoriales, lo que los convierte en animales muy peligrosos y agresivos.
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